巧克力囊肿和卵巢囊肿的区别比较多，一般可以从发病原因、症状、治疗方法进行区分。建议积极进行相关检查，明确诊断后进行针对性治疗。

1、发病原因：巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是盆腔内的异位子宫内膜异位症病灶出现在卵巢，随着月经周期出现，病灶会逐渐增大，从而出现症状。而卵巢囊肿可能是内分泌因素、不良生活习惯、环境因素或者遗传因素等原因引起;

2、症状：巧克力囊肿一般会表现出腹痛、痛经、月经异常等症状，而卵巢囊肿可能表现出月经异常、腹部肿块、压痛等症状;

3、治疗方法：巧克力囊肿患者可以在医生指导下口服布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛肠溶片等非甾体抗炎药治疗，也可以通过做腹腔镜手术治疗。而卵巢囊肿患者可以通过做腹腔镜手术或者开腹手术治疗，如卵巢囊肿剥除术、患侧卵巢切除术等;

4、并发症：巧克力囊肿术后可能会导致腹腔粘连，诱发肠梗阻或者肠瘘，也可能会损伤到卵巢血管。而卵巢囊肿术后如果没有做好护理工作，可能会引起感染，容易导致腹腔出血，也可能会引起周围脏器粘连。

巧克力囊肿和卵巢囊肿患者，建议及时到医院妇科就诊，在医生指导下进行针对性治疗，还需要做好护理工作，保持良好的心态，避免精神过度紧张和压力过大。