巧克力囊肿治不好的原因，主要是没有及时就医治疗、治疗不规范、术后不注意护理等。

1、没有及时就医治疗

巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的陈旧性积血囊肿。如果囊肿体积比较小，患者没有及时进行治疗，导致囊肿体积逐渐增大，最终会影响正常的生育功能。

2、治疗不规范

如果患者没有及时到医院进行相关检查，明确诊断后，医生没有给予正确的治疗方案，而是采用药物或者手术的方法进行治疗，则会导致病情反复发作，不利于疾病的恢复。

3、术后不注意护理

如果患者在术后没有注意多休息，或者过早进行性生活，则会导致病情反复发作，不利于身体健康。

除上述原因外，也可能是患者自身体质比较差所引起。患者应及时到医院就诊，采取手术治疗后，应注意休息，避免过度劳累，同时还应注意会阴部的卫生，可用清水清洗局部，还应勤换内裤。